虚拟目录是到服务器硬盘上的现有物理目录一个链接。虚拟目录可指定多个设置，如自定义 ASP.NET 配置、访问权限与使用密码保护等。
因为任何虚拟目录都可以有自己的设置，包括自定义的 ASP.NET 配置，虚拟目录在设置您的 web 应用程序时特别有用，尤其对在 ASP.NET 里写入的应用程序效果更好。例如，如果您已经有三个使用 ASP.NET 1.1 版本的 web 应用程序，而您需安装一个使用 ASP.NET 2.0 版本的 web 应用程序，那么您可为 ASP.NET 2.0 应用程序创建一个虚拟目录，并为此目录配置 ASP.NET 设置以启用 2.0 版本，然后就可成功安装所需应用程序。
虚拟目录也可以用作别名。例如，您在物理目录"/my_data/web_apps/forum"中域名 "example.com" 上安装了一个 web 应用程序。若要访问此 web 应用程序，用户需要输入难记忆又太长的 "example.com/my_data/web_apps/forum" 地址。那么则可在虚拟主机的根目录里创建叫做forum 的虚拟目录，并链接此虚拟目录至 "/my_data/web_apps/forum"，之后若要访问此 web 应用程序的用户只需要输入简短易记的"example.com/forum"地址即可。
